フェリオンで暮らすデルタとキャスはネイを探すように頼まれる。隔壁の外で二人が見たのは人々を襲う機械兵器と颯爽に現れたネイだった。
デルタ達はフェリオンを治める天統姫よりクオンターヴで姿を消したサーリを捜索するよう頼まれる。クオンターヴでは人々に演説するジルの姿があった。
捕われていたサーリを救出し、フェリオンに戻る途中、デルタとキャスの想いが無意識に人型ジェノム「プリム」を生み出す。プリムはデルタ達をパパ、ママと呼ぶ。
フェリオンに戻ったのも束の間、機械兵器の襲撃が発生。
撃退するもののサーリは自分が奪われたシェルン・プロテクタが原因だとして再びクオンターヴに向かうことに。
クオンターヴで目的のものを取り戻した一行はジルに見つかり、捕われてしまう。脱出に成功するがジルから恐るべき計画を聞かされることになる。
ジルを追ったデルタ達だったが計画は発動してしまう。
なんとか止めようとするも多数のシャールに取り囲まれ絶体絶命のピンチに陥る。
イオンが作成したロボットとして目覚めたアーシェス。
彼女にはどうしてもやりたいことがあるらしく、協力を求めてくる。
外の世界へ歩もうとするイオンはねりこと対峙する。
その中でイオンは自分がシャールを生み出すために眠らされていたことを知る。
目覚めたイオンは目の前のネロに「あなたを止めるために目覚めた」という。ネロの計画を止めようとするイオンだがネロが再び眠らせようとしたため逃走する。
アーシェスと合流し、シャールのタットリアと出会う。
そこでイオンはシャールと人間の争いの現状を聞き、それが決して正しくないことだと思う。
ネロの計画を知っているイオンは人間とシャール、両方の争いを止めさせるためにまずはシャールの住む天領伽羅へ向かうことへ。
カノンと再会したイオンはカノンから昔人類が犯した過ちを償う為に「救済」を行っていることを聞く。反論するイオンだがそこにジルが現れ、カノンに救済を早めるよう申し出る。
カノンの呼びかけにより大規模な「救済」がはじまった。イオン達はこの間に人間の住む側へ向かう。
道中偶然にもジルとネロを発見しその計画を知ることになったイオン。シャールを統率するカノンさえも彼女らの計画の一部分でしかないという。